抗性筛选与植株再生共培养结束后，将幼胚转移至含筛选压力的培养基上，分批筛选抗性愈伤组织，淘汰未转化的阴性细胞；将阳性抗性愈伤转入分化培养基，诱导芽体分化，再转入生根培养基培育完整幼苗；炼苗后移栽至温室培养，获得T0代植株。 分子鉴定与纯合株系筛选对T0代植株提取DNA，通过PCR、Southern杂交检测外源基因整合情况，通过RT-PCR、Western blot检测基因表达水平；收获T1代种子后，连续多代自交，拟南芥转化，结合分子检测筛选获得遗传稳定的纯合株系。
农杆菌侵染条件优化菌液OD值、侵染时间、共培养温度直接决定转化效率。菌液浓度过高、侵染过久会导致愈伤菌害褐化；浓度过低则侵染不完全、阳性率极低。标准体系下OD600取值0.6–0.8，侵染10–20分钟，25℃避光共培养为优条件。
组培体系细节调控愈伤诱导阶段依靠2，4-D维持胚性状态；分化阶段调整细胞分裂素与生长素配比，促进芽苗分化；筛选剂浓度需提前预实验确定，浓度过高阳性愈伤，过低会出现假阳性植株；同时需严格控制无菌环境，杂菌与真菌污染。
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