依托改造后的根癌农杆菌Ti质粒T-DNA转移系统，去除质粒致瘤基因，构建安全的二元载体、三元载体系统。将目的基因与筛选标记基因插入T-DNA区域，在农杆菌Vir毒蛋白的诱导作用下，T-DNA切割、转移并整合至水稻细胞核基因组，实现外源基因的稳定插入与表达。常用农杆菌菌株为EHA105、AGL-1，适配水稻愈伤组织侵染体系。
适用受体材料受体为水稻成熟种子诱导的胚性愈伤组织，材料获取不受季节、生育期限制，可全年开展转化实验；其次可选用水稻幼胚、幼穗诱导愈伤，再生能力更强，但取材受限。粳稻愈伤诱导与再生效率显著优于籼稻，籼稻是目前水稻转化的主要难点材料。
组培苗弱、移栽率高原因：生根不充分、炼苗时间不足、根部残留琼脂滋生杂菌。解决：延长生根培养、规范炼苗流程、清洗根部培养基。
总结水稻组培的成功关键不在于流程复杂，番茄基因转化，而在于愈伤质量把控、侵染参数、筛选严格、环境稳定。粳稻重标准化操作，籼稻重抗褐化与胚性维持。稳定的组培体系，是水稻基因转化获得高阳性率、高再生率、稳定遗传株系的前提。
抗性筛选与植株再生共培养结束后，将幼胚转移至含筛选压力的培养基上，分批筛选抗性愈伤组织，淘汰未转化的阴性细胞；将阳性抗性愈伤转入分化培养基，诱导芽体分化，再转入生根培养基培育完整幼苗；炼苗后移栽至温室培养，获得T0代植株。 分子鉴定与纯合株系筛选对T0代植株提取DNA，通过PCR、Southern杂交检测外源基因整合情况，通过RT-PCR、Western blot检测基因表达水平；收获T1代种子后，连续多代自交，结合分子检测筛选获得遗传稳定的纯合株系。
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