侵染与共培养农杆菌菌液调至OD600=0.6–0.8，愈伤浸泡侵染10–20 min，轻微震荡；侵染后捞出愈伤，无菌滤纸吸干表面所有菌液（积水是褐化、菌污染主要原因）。平铺于共培养基，25℃暗培养2–3天，以愈伤表面微微出现薄层菌膜为状态。
抗性筛选与继代共培养结束后，无菌水洗去表面农杆菌，可低浓度水洗一次，吸干水分后接种筛选培养基。首轮筛选14天后，剔除褐化、愈伤，将新生嫩黄抗性愈伤切下继代。连续2–3轮筛选，去除假阳性与残留农杆菌，获得纯净阳性愈伤群体。
玉米基因转化完整操作流程以的农杆菌介导玉米幼胚转化体系为例，完整流程分为载体构建、受体制备、侵染转化、筛选再生、阳性植株鉴定五大步骤。1. 载体构建根据实验需求构建植物表达载体，将目的基因、启动子、终止子、抗性筛选标记基因（如除草剂抗性、抗性）插入二元载体T-DNA区域，测序验证无误后，将重组载体导入农杆菌感受态细胞，筛选阳性农杆菌菌株备用。
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