次氯酸水消毒剂中的次氯酸是以不携带电荷的分子形式存在，而细菌表面带有负电荷。像磁铁一样，食品级消毒剂开发，具有相同电荷的分子会相互排斥。例如，带负电的次氯酸根离子会和细菌表面互相排斥，所以次氯酸根离子杀菌的能力较差。很容易穿透细菌细胞壁，可以氧化细胞壁以细菌或者通过细胞壁进入并破坏细菌内的重要组成成分。
次氯酸的杀菌能力是次氯酸根的80倍。在杀菌、杀病毒的过程中，不仅可作用于细胞壁、病毒外壳，食品级消毒剂，而且由于次氯酸分子小，不带电荷，可渗透入菌(病毒)体内与菌(病毒)体蛋白、核酸、酶等发生氧化反应，导致病原微生物。研究表明，在接近中性(pH6.20-6.80)时，有效氯几乎完全以分子的形式存在。
市售的含氯消毒剂大多都是次氯酸水消毒剂。溶于水中能产生微量的次氯酸，而消毒的主要成分就是这些微量的次氯酸。次氯酸水消毒剂反应后释放的次氯酸含量非常低，pH为10.0时，释放次氯酸含量少碱性越高释放含量越低，如要达到同等消毒效果，需要高浓度大剂量使用，因此导致了化学残留、刺激性及腐蚀性。
而次氯酸水使含氯消毒剂以其本质的方式呈现，等同于提取了普通含氯消毒剂的有效成分，摒弃了其他多余无效成分，消毒液的浓度可以大大降低，无残留、无漂白、无腐蚀、无刺激。
虽然目前次氯酸水消毒剂使用的比较多，具腐蚀性，可致人体灼伤，具有致敏性。使用时应稀释过后再进行对消毒区域消毒，家用洁厕精不可以和84消毒液混用，否则会生成，可能导致。通常使用的84消毒剂浓度高，且富含大量稳定的、极易残留的次氯酸根离子，给环境造成沉重的负担。次氯酸水消毒剂与传统的化学消毒很大的不同，其含有的活性成分性质不稳定，与光、空气以及有机物等接触后，有效成分会逐渐分解，杀菌后氧化还原电位迅速下降，食品级消毒剂资料，很快分解并还原为普通水，食品级消毒剂设计方案，排放对环境没有任何污染，与传统化学消毒剂相比，具有安全、无残留、无污染的特点。
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