标志性分子检测是外泌体鉴定的，ISEV推荐检测的阳性标志物包括跨膜蛋白CD63、CD9、CD81，溶质蛋白TSG101、Alix等，同时需检测Calnexin等阴性标志物，排除杂质干扰。常用检测方法包括Western Blot（WB）与流式细胞术：WB通过电泳分离、转膜、孵育等步骤，检测特定蛋白条带，可验证标志物的存在，但操作繁琐、灵敏度较低；流式细胞术借助荧光标记与外泌体表面抗原结合，可快速、定量检测表面标志物表达，外泌体检测服务，确定外泌体纯度与数量，但对样本纯度要求较高，易出现假阳性结果。
扫描电子显微镜与TEM的区别在于，其电子束不穿透样品，而是通过电子束在样品表面进行扫描，电子与样品表面的原子发生相互作用，产生二次电子、背散射电子等信号，这些信号经探测器收集、放大后，在成像屏幕上形成样品的三维表面形貌图像。SEM的分辨率通常为1~10 nm，虽然低于TEM，但能够清晰呈现外泌体的表面形貌、大小及分布状态，同时还能观察外泌体与载体表面或的相互作用，为外泌体的表面特征研究提供支持。
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