在清洁车间食品工厂的选址、设计、布局、建设和改造中，应尽量避免污染源、交叉污染、混搭和差错。工厂环境干净整洁，人和物流合理。采取适当的门禁措施，防止未经授权的人员进入。保存施工和竣工数据生产过程中空气污染严重的建筑物，应建在厂区的下风侧，全年风向多。相互影响的生产工艺不宜设置在同一建筑内时，应在各生产区域之间采取有效的隔离措施。发酵产物的生产应设有专门的发酵车间。
对于化妆品净化车间的设计施工有以下几点建议：车间管理——进出净化车间的工作人员一定要按要求着装，工作开始前完成消毒。环境和厂房——在洁净厂房的路面上应铺上防尘材料，厂房的建筑结构和装饰应有利于减少污染。并定期进行清洁和消毒，保持清洁的操作环境。在工厂布局和设备布置中，应将原材料的储存、生产、灌装和包装过程分开，避免因操作扬尘造成的污染传播。空气质量——空气中的一些污染物体会在很大程度上影响到化妆品的质量，所以在生产的时候就一定要注意到这点，在环境部分方面，一定要根据GMP要求设计，应满足化妆品净化车间生产车间空气中细菌总数不得超过1000个/立方米。
食品工厂洁净车间的隔断，一般食品厂的清洁车间大致可分为三个区域:一般作业区、准洁净区和清洁作业区。一般操作区(非清洁区):一般原材料、成品，工具存储区域、包装成品转移区域和其他区域风险较低的原材料和成品，如外部包装的房间，和辅助原料仓库、包装材料仓库，外部包装车间、成品仓库等。准洁净区:要求较少但不直接暴露的区域，如原料处理、包装、缓冲间(开箱间)、一般生产加工间、非即食食品内部包装间等。清洁操作区:指高的区域卫生环境的要求，百级净化车间安装，人员和环境要求高，而且只能进入消毒和改变后的衣服，如:原材料和成品加工领域暴露，低温处理房间的食物，准备吃食物的冷却室，储藏室的准备吃食物包装，和内部包装的房间准备吃食物。
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