与扫描电镜不同，TEM需要将样品制备成超薄切片（厚度通常为50~100 nm）或直接将纳米级样品吸附在载样网上，外泌体检测服务，确保电子束能够穿透样品。对于外泌体样品，通常采用负染法或正染法进行染色处理，以增强样品与背景的对比度，便于观察外泌体的形态和结构——负染法是利用高电子密度的重金属盐（如磷钨酸、醋酸铀）包裹外泌体表面，使背景呈现深色，外泌体呈现亮白色的“亮核暗晕”形态；正染法则是让重金属盐渗透到外泌体内部，使外泌体呈现深色的“暗核亮背景”形态，两种染色方法各有优势，可根据研究需求选择使用。
冷冻透射电镜（cryo-TEM）无需化学固定与染色，将样品快速浸入液态玻璃化冷冻，在液氮温度下成像；能保留外泌体天然结构（膜、内部成分），适合高分辨率三维重构（冷冻电子断层扫描 cryo-ET）；缺点是设备昂贵、样品制备门槛高。
超薄切片 TEM外泌体经 / 双固定、脱水、树脂包埋后，切成 40–90 nm 超薄切片，染色后观察；适合观察细胞内多囊体释放外泌体的原位结构，或外泌体群体的内部细节。
扫描电镜（SEM）电子束扫描样品表面成像，主要看外泌体在基底上的分布与表面形貌；需喷金导电处理，分辨率略低于 TEM，不适合观察内部膜结构。
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