冷冻透射电镜（cryo-TEM）无需化学固定与染色，将样品快速浸入液态玻璃化冷冻，在液氮温度下成像；能保留外泌体天然结构（膜、内部成分），适合高分辨率三维重构（冷冻电子断层扫描 cryo-ET）；缺点是设备昂贵、样品制备门槛高。
超薄切片 TEM外泌体经 / 双固定、脱水、树脂包埋后，切成 40–90 nm 超薄切片，染色后观察；适合观察细胞内多囊体释放外泌体的原位结构，或外泌体群体的内部细节。
扫描电镜（SEM）电子束扫描样品表面成像，主要看外泌体在基底上的分布与表面形貌；需喷金导电处理，分辨率略低于 TEM，不适合观察内部膜结构。
外泌体的尺寸微小（30~150 nm），外泌体检测服务，传统光学显微镜无法清晰呈现其形态和结构，而电子显微镜技术通过电子束替代可见光，利用电子的波动性和粒子性，实现了纳米级的分辨率，能够直观、清晰地展示外泌体的超微结构，是外泌体形态学鉴定和结构分析的工具。目前，用于外泌体研究的电镜技术主要包括透射电镜、扫描电镜、冷冻透射电镜、电子断层扫描及免疫电镜等，各类技术的原理、特点及应用场景存在显著差异，下面分别进行详细阐述。
外泌体的生成是一个复杂的细胞内过程，主要涉及内吞、多囊泡体形成及释放三个关键步骤。首先，细胞通过内吞作用将胞外物质或细胞膜成分摄入细胞内，形成早期内体；随后，早期内体的膜结构发生内陷，形成包含多个小囊泡的多囊泡体（Multivesicular Bodies， MVBs）；后，多囊泡体与细胞膜融合，将其内部的小囊泡释放到细胞外，这些被释放的小囊泡即为外泌体。
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