原位杂交是指将特定标记的已知顺序核酸为探针与细胞或组织切片中核酸进行杂交，从而对特定核酸顺序进行精1确定量定位的过程。原位杂交可以在细胞标本或组织标本上进行。
原位杂交的特点是杂交在显微镜载玻片上中期染色体标本上进行。所谓原位即指标本上DNA原位变性，在利用放1射性或非放1射性标记的已知核酸探针杂交后，通过放1射自显影或非放1射性检测体系来检测染色体上特异DNA或RNA顺序，可用放1射性颗粒在某条染色体的区带出现的频率或荧光的强弱来确定探针的位置，从而进行准确的基因定位。
分子病理学诊断主要应用于以下几个方面：1、对于肿l瘤易感基因的检测，对于肿l瘤高危人群的筛检具有实用价值，如检测GSTπ基因以判定个体暴露于致癌物是的致癌危险性。2、肿l瘤相关病毒的检测，如采用原位杂交方法检测标本中HPV、EBER等病毒。3、疑难肿l瘤的诊断和分类，植物RNA原位杂交技术服务，尤其在鉴别诊断淋巴细胞增l生性疾病与淋巴细胞性肿l瘤上有着强大的特异性和可靠性。4、肿l瘤的个体化治l疗，能够根据肿l瘤发生l发展不同阶段分子水平的特点，对肿l瘤的个体化和预见性治l疗具有指导意义。5、肿l瘤的预后判断，如采用荧光原位杂交技术（FISH）检测HER-2基因在乳l腺l癌病例中的表达情况，配合术后治l疗，指导临床用药选择。
目前，我国已稳定开展的分子病理技术主要有显色原位杂交、荧光原位杂交、PCR、荧光定量PCR、基因芯片和DNA测序技术DNA原位杂交主要用于基因定位、特异基因(如病原微生物基因)检测等;RNA原位杂交则用于基因表达检测。原位杂交技术的优点是操作简单，可直接定位组织，价格低廉，信号稳定，储存方便，可做组织学评价，是目前应用较多的分子病理技术之一。
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