消毒柜应定期进行清洗，有助于延长使用寿命和消毒效果。在清洁时应先将电源插头拔掉，确保消毒柜已断电，将集水盒取下来倒掉里面的水，用清水冲洗干净后再用抹布擦洗干净。
消毒柜用久了外表会存灰，餐具消毒柜，可以用湿布擦拭。若污垢比较难清理的，建议用湿布沾上温和的中性洗涤剂擦拭，再用干净抹布多擦拭几遍，后用干布擦干即可。日常不要随意搬动消毒柜，以免碰坏加热管，导致无法正常使用。
消毒柜内部建议用干布擦拭即可，有的零部件可以拆下来清洗，洗完按原位装回。日常应检查柜门封条的密封性如何，高温消毒柜，以免臭氧溢出。如果橡胶门封上有杂质，可以用筷子包着软布，将杂质弄出来，让门封变干净。
消毒柜是先烘干还是先消毒一、先消毒后烘干主要考虑到两点：
1、臭氧在常温、高湿度环境下具有很好的杀菌消毒作用，餐具洗好后放入柜内，表面是湿的，十分有利于臭氧消毒。烘干会改变这环境。
2、现在消毒柜自动功能是先臭氧工作30分钟或60分钟，康宝消毒柜，再停止15分钟，直到大部分大部分臭氧还原成氧气，消毒柜，然后再进入烘干程序，烘干是红外烘干和吹干同时进行。这样在烘干时不会有臭氧排出
二、消毒柜要求碗筷晾干再往里放，其实并不是要求完全晾干，只要没有水聚集滴落即可。
这也是考虑到两点：
1、碗筷上的滴落的水在消毒柜内聚积，而烘干功能不能及时有效的烘干，会有安全隐患
2、现在普遍采用304不锈钢做消毒柜内胆，底期积水会对304不锈钢造成腐蚀生锈，缩短消毒柜使用寿命
餐具材料要选择消毒柜并非是能消灭“千毒万毒”的“神柜”，并不是所有的东西放进去都能够消毒，包括部分餐具在内的东西，都是不适合用消毒柜消毒的。不同类型的餐具应该分别消毒，即将不耐高温的餐具放进低温消毒室消毒，耐高温的可放入高温消毒室。 一般来说，塑料等不耐高温的餐具不能放在下层高温消毒柜内，而应放在上层臭氧消毒的低温消毒柜内消毒，以免损坏餐具。一些花花绿绿的盘子不宜放入消毒柜中消毒。因为这些陶瓷碗碟的釉子、颜料含有铅、镉等重金属，若遇到高温就容易溢出。消毒柜在工作状态下，内部温度可高达200摄氏度。经常在这些消毒过的彩色瓷器里放置食品，容易使食品受到污染，危害健康。碗、碟、杯等餐具应竖直放在层架上，不要叠放，以便通气和尽快消毒。彩绘器皿尽量不要放入高温消毒柜中消毒，因为其中含有化学物质，在常温下它们呈稳定状态，而在高温下可能会释放有害物质，危害人体健康。
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