清洗过程中也可以同时检查油舱结构、加热系统以及进行压力测试等。船东需要考虑使用其他的替代方法进行燃油舱和管路的清洗。目前除了进船坞清洗外，货船油舱清洗，还有在营运期间清洗及使用添加剂进行清洗两种办法。一些航运公司在更换使用燃油舱之前会使用化学添加剂进行清洗。实践证明，这是减少清洗油舱非常有效和经济的方式之一。
每艘船完成清洗和冲洗需要的时间大约为1-2周。经过上述清洗和冲洗的油舱和管路，船舶油舱清洗，在接收合规的燃油后，油舱清洗要求，基本可以满足公约的排放要求。定期清洗船舶燃油舱安全有效的方法是安排船舶进坞检查和清洗，短期内安排所有正在使用HSFO的船舶进船坞清洗燃油舱并不现实。指南中重要的一个技术环节就是关于船舶在开始使用含硫量低于0.50%m/m的合规燃油前的燃油舱清洗问题。
如果船舶在船坞中仅仅清洗了燃油舱，而没有进行管路冲洗，油舱清洗，船舶在接收完合规燃油后仍需要2-5天的时间来冲洗燃油系统管路以达到排放要求。船舶产生的废水主要包括压舱水、洗舱水、舱底水等。其中洗舱水是船舶产生的废水之一，是指船舶上用来清洗油舱。目前大多数船舶使用的仍是高粘度高硫燃料油(HSFO)，此类燃料油会粘附在油舱内壁上，非常难清洁。
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