在石灰性土壤中，过磷酸钙中的磷酸一钙与土壤中的钙离子结合，转化为含水磷酸二钙、无水磷酸二钙和磷酸八钙等中间产物，大部分经水解形成稳定的磷灰石。
在酸性土壤中，过磷酸钙的磷酸离子与土壤中的铁、铝离子或土壤胶体上的代换性铁、铝作用，生成磷酸铁、铝沉淀，饲料级磷酸钙生产厂家，经水解又可生成粉铁矿，胶态磷酸铁以及各种磷铝石等，有效性差，广安饲料级磷酸钙，随着时间的延长，这些磷酸盐不断老化，或在土壤氧化还原电位交替变换的条件下，形成闭蓄态磷酸盐。酸性土壤中还含有较多的氢氧化铁、铝和氧化物，如针铁矿以及黏土矿物。过磷酸钙施入后，其磷酸离子为水化铁、铝所固定，生成碱式磷酸盐，或进行阴离子交换而被吸附在土壤胶体上面。
在中性和微酸性土壤中施入过磷酸钙，有效性。pH值在6.5～7.5的土壤，磷肥施入后呈磷酸一氢离子和磷酸二氢离子存在，是对作物有效、易吸收利用的形态。
磷酸钙的聚集有两条途径，一是磷酸钙被小管细胞内吞的途径。
通过显微镜观察患者的组织切片，可以在亨氏袢细胞的基底膜中发现磷酸钙。磷酸钙结晶物曾多次被证实存在于小管管腔内，磷酸钙球粒通过细胞内吞或者穿过细胞间隙被转运到了基底膜或是间质组织。大的结晶或结晶团可以被小管上皮细胞所覆盖。因此，通过不断内吞，磷酸钙结晶可以通过小管细胞在小管外过度聚集，直到突破上皮，形成斑块，成为其他结晶的附着点。然而小管细胞内吞途径似乎有另一项重要的作用，就是防止管内结晶堵塞小管。小管细胞以及间质中的巨噬细胞内的溶酶体可以溶解这些磷酸钙和草酸钙。正常人的小管上皮下组织中并不存在磷灰石沉积。如果间质组织中着足够高水平的磷酸钙浓度，那么钙离子和磷酸根离子被排泄到周围间质组织中后又可重结晶。
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