亚细胞定位是生物学中一个重要的研究领域，它帮助科学家们理解蛋白质和其它细胞成分如何在细胞内进行定位，这对于理解细胞的生物学和疾病研究都具有重要的意义。植物学研究者也利用亚细胞定位来研究植物细胞的生物学特性。
植物细胞的一个显著特点是它们具有细胞壁。细胞壁是由纤维素等多糖构成的，它包围在细胞膜的外面，BIFC，提供细胞结构的支持。由于植物细胞壁的存在，植物细胞的亚细胞定位具有一定的性。
禾谷菌 CgRab5A 的亚细胞定位研究：刘涵等人利用多片段一步法将 CgRab5A 自身启动子、GFP 片段和 CgRab5A 开放阅读框（ORF）片段到 pKNT 载体上，转化型禾谷菌的原生质体后，通过共聚焦显微镜观察 GFP-CgRab5A 在菌丝和孢子内的定位情况。结果表明，GFP-CgRab5A 在菌丝和孢子细胞内均呈点状分布，定位于早期内涵体上。
水稻 OsUF 的亚细胞定位：丁作美等人通过得到水稻 E3 泛素连接酶 — 泛素融合蛋白（OsUF）基因的 cDNA 序列，并利用 Gateway 同源重组体系将 OsUF cDNA 全长重组到融合表达绿色荧光蛋白（GFP）的表达载体上，通过农杆菌介导的烟草瞬时表达系统进行亚细胞定位。结果显示，OsUF 蛋白定位在细胞核。
GaMYB2 在洋葱表皮细胞中的瞬时表达分析：采用基因轰击的方法，用包裹质粒的金粉对洋葱表皮进行轰击，暗培养过夜后，在激光共聚焦显微镜下进行观察，从图A 中可以看出对照GFP空载体在整个洋葱细胞均能看到绿色荧光，为组成型表达；从图B 中发现GaMYB2-GFP 的融合表达载体只能在细胞核中能看到绿色荧光，这进一步证明该蛋白不具有跨膜蛋白结构，定位在细胞核中，具有转录因子的一般特征。
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