植物组织原位杂交的步骤包括以下几个方面：
1. 制备组织样品：从植物中取出需要研究的组织样品，如根、茎、叶等。
2. 固定组织样品：将组织样品固定在载玻片上，通常使用或乙醇等化学物质进行固定。
3. 处理组织样品：对固定的组织样品进行脱水、透明化、脱脂等处理，以便于DNA探针的穿透和结合。
4. 制备DNA探针：根据需要研究的基因序列，设计并合成DNA探针。DNA探针可以标记荧光染料或性同位素，以便于检测。
5. 杂交DNA探针：将DNA探针与组织样品进行杂交，通常需要在高温下进行，以便于DNA探针与RNA或DNA结合。
6. 检测杂交信号：通过荧光显微镜或计数器等设备，植物组织原位杂交，检测DNA探针与RNA或DNA的结合情况，确定目标基因的表达模式和位置。
DNA 探针为原位杂交提供较高的灵敏度。与RNA探针相比，DNA探针与靶mRNA 分子的杂交强度较弱，因此在杂交后的洗涤中不应使用甲醛。
探针特异性至关重要。如果已知细胞中mRNA或DNA的确切核苷酸序列，则可据此设计高度的互补探针。如果超过 5% 的碱基对不互补，那么探针只能与靶序列发生轻度杂交。这意味着，探针更容易在洗涤和检测步骤中被洗去，可能无法正确检测。
和其它实验方法一样，必须同时设对照试验以证明其实验结果特异性。对照试验的设置须根据核酸探针和靶核苷酸的种类和现有的可能条件去选定。ISHH的优点是它的高度特异性，它可测定组织、培养的单个细胞或细胞提取物中的核苷酸含量。应用高敏感度的性标记cRNA探针在理想的ISHH的实验条件下检测mRNA，其敏感度可达到20个mRNA拷贝/每个细胞。由于双链DNA的稳定性，在用ISHH定位DNA时很少发生丢失，降解，其敏感性高到能够显示在染色体铺片上，有时甚至在组织切片上的单个基因拷贝。正因为如此，对ISHH结果的解释应持慎重态度，特别是前人未报告过的新发现。
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